基於防疫無假期，指揮中心於今（5/3）日下午2時召開第三次會議，行政院邱正雄副院長蒞會轉達劉兆玄院長對H1N1防疫進展的關心，對目前的跨部會運作及地方政府之因應作為，表示感謝及肯定。葉指揮官表示，政府的防治策略是「用知識對抗H1N1新型流感，與WHO及先進國家同步努力」。目前我國尚無病例發生，防疫物資亦尚稱充足，請民眾無需恐慌。
今（5/3）日指揮中心會議重要決議事項包括：
一、參考世界衛生組織所訂級數及國內疫情控制能力訂定國內疫情分級標準，共分六級：第一級等於綠燈，尚無病例；第二級到第四級屬於黃燈，第五級屬於橙燈，第六級屬於紅燈。我國現在屬於第一級(綠燈)，尚無出現任何病例。
二、民眾教育及相關防疫訊息的報導，極為重要，未來對外訊息將都由指揮中心統一對外說明，對於民眾衛教訊息，該中心將函請各地方政府循里鄰系統發放；此外，NCC及新聞局將自今（5/3）日下午開始協調各媒體並利用公益頻道，每日定期發布新聞，以呼籲請全民做好準備。
三、對於我國國外僑民、台商及其他人員最新狀況的掌握及協助的提供，由外交部駐外單位大使或代表統籌教育部、僑委會等駐外單位處理。
四、目前國內防疫物資充足，國內廠商口罩生產能量每天達152萬片，足敷市場需求。另該中心決定自5/5起釋出200萬片至四大超商(統一、全家、萊爾富、OK)，於5/7中午前完成上架。
對於外界謠傳我國將自墨西哥撤僑、僑民返台困難等消息，指揮中心表示將於今晚8時，由外交部、駐墨西哥代表處與目前在墨西哥的疾病管制局防疫醫師進行連線，對外說明當地情況。